MBR具有水质好、占地省、产泥量低、自动控制好、稳定性好等优点，还有一些不足之处：

    1、MBR膜主要分离污水中的大于膜孔径的悬浮物，无法去除对于小于膜孔径的悬浮物、溶解性污染物。污水回用时除了对悬浊度及悬浮物有要求，COD是最主要的指标应。废水经过二级生化处理后的污染物主要为一些难降解的溶解性污染物，对此类污染物MBR膜去除能力有限。

　　2、MBR 膜需要定期清洗

操作麻烦,并且MBR膜的使用寿命比较短，大部分使用1、2年就需要更换膜，使用长久的也就3年左右，这样也增加了运行成本.

　　3、MBR膜也存在污泥膨胀的现象。污水处理工艺和污水水质对于是否发生污泥膨胀均有关系，而非污泥浓度高了就不会出现污染膨胀。例如，按照传统理论“当工艺中同时存在厌氧、好氧环境时，就不会出现污染膨胀”，比如SBR工艺。但工程实际情况下并非如此，在处理某些种类废水时，SBR也存在污泥膨胀。SBR的变形之一CAST工艺，前面所加的生物选择区，其中之一的功能就是抑制丝状菌大量增殖。对于普通的生活污水采用生物处理工艺，其气水比范围一般在1：3~7之间，具体数值与进水COD有关系。MBR之所以采用较高的气水比，原因之一即为利用较高的空气流速擦洗膜表面，以防止膜堵塞。这当然会使运行费用大幅上升。