MBR膜片在线清洗的缺陷，MBR膜片“在线化学清洗”不能完全取代“外浸渍化学清洗”，而只能是延长“外浸渍化学清洗”的周期，减小“外浸渍化学清洗”次数。如用户要实现真正意义上的“在线化学清洗”只能采用“ MBR膜长期稳定运行的主要控制条件。

保持膜生物反应器内良好的水力循环条件。为维持MBR膜面良好的水力冲刷作用，反应器升降流通道的设计要合理，曝气量要适当。做好膜-生物反应器的启动运行工作。应提前接种污泥的浓度，待膜生物反应器运行基本稳定后再开始膜分离的运行。注意膜的日常维护。可采取在线上下对流式空曝气、在线反冲式药洗等一些简单的手段来减缓膜过滤阻力的增长速度，延长膜运行时间。当膜污染极为严重，时常维护作用不大时，可将MBR膜组件放至按一定浓度与方法配制好的药剂浸泡一定时间，以恢复膜的过滤性能。保持操作条件的稳定。操作条件的经常变化会促进MBR膜组件的堵塞过程，加速膜污染。MBR膜组件污染的主要解决方法,在线上下对流式空曝气（是指按一定的周期停止进出水，加大曝气强度利用特殊的膜机架水流条件连续进行曝气二至三小时，以冲脱沉积在膜表面上污泥层的方法。此法较简单无需任何配套设施，运行中必须采用）。