环保行业发展至今，MBR工艺已经越来越被接受，MBR工艺的膜片堵塞问题是阻碍MBR系统发展的关键，但保证MBR膜分离工艺长期稳定运行的主要条件：百分之三十在于MBR膜组件质量，即膜丝有足够的条件来保证以下的清洗方法不受损环；由于PP膜丝的内孔较小，运行时会产生膜丝中间部分远远小于膜丝两侧部分的负压，因此膜丝两侧部分会快速堵塞从而快速造成整个膜片堵塞。百分之七十在于MBR膜组件是否被正确使用，是否能正确进行清洗。

MBR膜组件在运行中引起的主要污染：MBR膜丝外表面附着的污泥层；MBR膜丝内表面与外表面微生物的污染；在MBR膜组件运行半年以上或停止运行超过1个月以上的膜丝内表面进行了电镜观察，发现膜内外表面长满了各种微生物，其中大量丝状菌交错形成支架，球菌以此为依附，成串地生长在上面，形成致密的一层，而短杆菌则插入空隙，更加堵塞了内表面的孔洞。MBR膜组件污染的主要解决方法：在线上下对流式空曝气是指按一定的周期停止进出水，加大曝气强度利用特殊的膜机架水流条件连续进行曝气二至三小时，以冲脱沉积在膜表面上污泥层的方法。此法较简单无需任何配套设施，运行中必须采用：在线化学清洗如沈阳某造纸厂生活与生产混合污水处理系统采用此法后1年内没进行外浸渍化学清洗。