MBR膜也存在污泥膨胀。是否发生了污泥的膨胀，与污水的处理工艺和污水水质都有着密切的关系，而不是污泥浓度高了就不会出现污染膨胀了。例如，按照传统的理论“工艺当中同时存在厌氧、好氧环境时，就不会出现污染膨胀”，比如SBR工艺。但是实际工程的情况并不是这样的，在处理某些种类废水时，SBR也存在污泥膨胀。
     SBR的变形之一CAST工艺，前面所加的生物选择区，其中之一的功能就是抑制丝状菌大量增殖。对于普通的生活污水采用生物处理工艺，其气水比范围一般在1：3~7之间，具体数值与进水COD有关系。MBR膜之所以采用较高的气水比，原因之一即为利用较高的空气流速擦洗膜表面，以防止膜堵塞。这当然会使运行费用大幅上升。